我国的版权登记机构包括中国版权保护中心和各省、自治区、直辖市版权局。中国版权保护中心作为国家级版权公共服务机构，是我国唯一的计算机软件著作权登记、著作权质权登记机构，负责国内和国外的作品著作权登记，并出具作品登记证书。

著作权集体管理组织不是版权登记机构，其开展版权登记工作没有法律依据，不能出具著作权登记证书。